Lygtinio paleidimo iš pataisos įstaigos komisija Šiaulių tardymo izoliatoriuje, yra Kalėjimų departamento prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos direktoriaus įsakymu sudaryta kolegiali, visuomeniniais pagrindais veikianti institucija, priimanti sprendimus dėl nuteistųjų prašymų lygtinai paleisti iš pataisos įstaigos.

Šiaulių tardymo izoliatoriaus viešųjų pirkimų komisija, tai nuolat veikianti komisija, organizuojanti ir vykdanti viešuosius pirkimus įstaigoje Lietuvos Respublikos viešųjų pirkimų įstatymo nustatyta tvarka.

Šiaulių tardymo izoliatoriaus ūkinės ir finansinės veiklos komisija prie įstaigos direktoriaus, tai nuolat veikianti komisija analizuojanti bei kontroliuojanti Šiaulių tardymo izoliatoriaus ūkinę ir finansinę veiklą.

Korupcijos pasireiškimo tikimybės nustatymo darbo grupė, tai nuolat veikianti darbo grupė, rengianti metinius įstaigos kovos su korupcija programos įgyvendinimo priemonių planus ir teikianti ataskaitas apie jų vykdymą Kalėjimų departamentui.

Strateginio planavimo komisija organizuoja bei planuoja metinių veiklos planų rengimą veiklos prioritetams nustatyti.

Tarnybinių ginčų komisja sprendžia pareigūnų individualius tarnybinius ginčus.

Šiaulių tardymo izoliatoriuje veikia Darbuotojų valdymo komitetas, Derybų komitetas, Darbuotojų saugos ir veiklos komitetas.