Laisvės atėmimo vietų ligoninė yra Kalėjimų departamentui prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos (toliau vadinama – Kalėjimų departamentas) pavaldi asmens sveikatos priežiūrą ir kardomąją priemonę – suėmimą, arešto bei laisvės atėmimo bausmes vykdanti valstybės įstaiga, skirta stacionarinei suimtųjų ir nuteistųjų (toliau vadinama – pacientai) sveikatos priežiūrai. Ligoninės steigėjas yra Lietuvos Respublikos Vyriausybė.

Ligoninė savo veikloje vadovaujasi Lietuvos Respublikos Konstitucija, įstatymais, kitais Lietuvos Respublikos Seimo priimtais teisės aktais, Lietuvos Respublikos tarptautinėmis sutartimis, Respublikos Prezidento dekretais, Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimais, teisingumo ministro, sveikatos apsaugos ministro, Kalėjimų departamento direktoriaus įsakymais, kitais teisės aktais ir šiais nuostatais.

Ligoninė finansuojama iš Lietuvos Respublikos valstybės biudžeto asignavimų, skirtų Kalėjimų departamentui. Ligoninė gali turėti nebiudžetinių lėšų ir Lietuvos Respublikos teisės aktų nustatyta tvarka gauti paramą.

Laisvės atėmimo vietų ligoninė, kaip atskira įstaiga, įkurta 1961 m. liepos mėnesį. Ji vadinosi „Centralnaja bolnica upravlenija mest zakliučenija“. 

LTSR vidaus reikalų ministro 1970 m. balandžio 28 d. įsakymu Nr. 040, įslaptintos informacijos dokumentuose įstaiga buvo vadinama Pataisos reikalų valdybos Respublikine ligonine, o neįslaptintuose dokumentuose – OČ-12/11. Iki valstybės nepriklausomybės atkūrimo, suimtų,  nuteistų asmenų sveikatos problemos buvo griežtai žinybinės, integruotos į SSRS vidaus reikalų sistemos valdymo piramidę, o informacija, susijusi su suimtų, nuteistų asmenų sveikata, iki 1989 m. buvo įslaptinta. Nuo 1990 m. žinybinių suimtų, nuteistų asmenų sveikatos priežiūros reguliavimą keitė valstybinis reglamentavimas, t.y. šių asmenų sveikatos priežiūros valdymo ir organizavimo klausimai buvo įtraukiami į visai visuomenei skirtus asmens sveikatos priežiūrą reglamentuojančius teisės aktus. 

1990 m. atkūrus Lietuvos Nepriklausomybę, Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministro 1992 m. spalio 27 d. įsakymu Nr. 619, sąlyginiai įstaigos pavadinimai buvo atskleisti ir Vilniaus įstaiga OČ-12/11 buvo pavadinta Pataisos reikalų departamento prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos (toliau – LR VRM) Respublikine ligonine.
            

Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2000 m. rugpjūčio 24 d. nutarimu Nr. 963, Pataisos reikalų departamento pavaldumas buvo pakeistas iš Vidaus reikalų ministerijos į Teisingumo ministerijos, o pats Pataisos reikalų departamentas tapo Kalėjimų departamentu prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos. 

Nuo 2000-09-01 Respublikinė ligoninė vadinta Laisvės atėmimo vietų ligonine.

Lietuvos Respublikos teisingumo ministro 2010 m. spalio 25 d. įsakymu Nr. 1R-231 „Dėl Laisvės atėmimo vietų ligoninės ir Pravieniškių gydymo ir pataisos namų reorganizavimo ir Pravieniškių 1-ųjų pataisos namų, Pravieniškių 2-ųjų pataisos namų-atvirosios kolonijos ir Pravieniškių 3-iųjų pataisos namų reorganizavimo“ (Žin., 2010, Nr. 127-6513), Laisvės atėmimo vietų ligoninė ir Pravieniškių gydymo pataisos namai reorganizuoti sujungimo būdu –Laisvės atėmimo vietų ligoninę ir Pravieniškių gydymo ir pataisos namų sujungiant į naują juridinį asmenį – Laisvės atėmimo vietų ligoninę, kuriai nuo 2011 m. vasario 1 d. perėjo reorganizuotų pirmiau išvardytų įstaigų teisės ir pareigos.

Šiuo metu Laisvės atėmimo vietų ligoninė – Kalėjimų departamentui prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos pavaldi biudžetinė įstaiga, kurios paskirtis – pirminio ir antrinio lygio ambulatorinių ir antrinio lygio stacionarinių sveikatos priežiūros paslaugų teikimas asmenims, kuriems paskirta kardomoji priemonė – suėmimas, ir arešto bei laisvės atėmimo bausmes atliekantiems nuteistiesiems (toliau vadinama – pacientai), užtikrinant kardomosios priemonės – suėmimo, arešto ir laisvės atėmimo bausmių vykdymą.

2016 m. rugpjūčio 3 d. įsigaliojus Lietuvos Respublikos teisingumo ministro 2016 m. liepos26 d. įsakymui Nr. 1R-214 „Dėl Teisingumo ministro 2014 m. kovo 6 d. įsakymo Nr. 1R-65 „Dėl Kalėjimų departamentui prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos pavaldžių įstaigų nuostatų patvirtinimo“ pakeitimo, Laisvės atėmimo vietų ligoninė persikėlė į Pravieniškių k., esantį Kaišaidorių r.